Как вы думаете, а куда деваются расходы, произведенные до выпуска первого серийного самолета на проектирование, испытание, приобретение оборудования и т. п. Исчезают? Если их включить в себестоимость всех выпущенных на данный момент самолетов, то ценник будет просто неконкурентным. Так что скорее всего да, дешевле себестоимости, но себестоимости не в столь ограниченном понимании, о котором вы думаете (комплектующие, з/п, логистика), а более шире, т. е. так же потраченного с момента проектирования, а это очень немалая сумма.

Я правильно понимаю что SSJ100 не окупился еще как проект в целом,или все-таки каждый самолет продается дешевле себестоимости?

Когда-то приводили цифры, что он окупит затраты на разработку, если произведут где-то более 300 машин. Сейчас эта цифра больше.