Корабли ГУГИ это практически та же разведка, но специальная. Кабелек в океане послушать, поднять что-то интересное, типа утонувшего корабля или самолета. Датчики движения свои поставить, а чужие поднять или взломать и т. д. Ну и изучение дна океана в том числе и для последующей навигации подлодок. В общем Гуги очень специфическими вещами занимается. Ну и поддержка нашей заявки по Арктике — сбор для этого инфы по дну тоже на них.   

Разъясните, пожалуйста, зачем Министерству Обороны океанографическое судно?

Но крайне маловероятно, что он стал бы это делать — военная океанология любит не только глубину, но и тишину! Поэтому будем считать, что Россия хочет стать страной, которой первой в толще мирового океана удалось найти самую красивую русалку!