Вот и интересно, а почему

Гражданскому судну проще зайти в иностранный порт. Вооружение со вспомогательных судов давно снято за ненадобностью, экипажи на судах гражданские, поэтому и окраска соответствующая. Хотя, наверное, можно говорить и о традиции.

А почему транспортную авиацию так же не раскрашивают?

Во времена СССР самолёты военно-транспортной авиации для маскировки красили в цвета «Аэрофлота» (попробуй пойми принадлежность), потом такая окраска стала традиционной. Тем более, что Ил-76 и Ан-124 ВВС часто выполняют международные коммерческие рейсы под флагом гражданской авиакомпании «224-й лётный отряд».

но ведь согласитесь его надо ещё идентифицировать

Международная система идентификации, когда каждое крупное гражданское судно имеет свой уникальный номер IMO, очень облегчает этот процесс.