Вы давно читали главу 3 Конституции Российской Федерации? А определение понятия «федеративное устройство» или «федеративное государство» и чем оно отличается от «унитарного государства»?

Напомню вам, что регион Москва — это один из субъектов Российской Федерации. Метро в регионе Москва строится за счёт бюджета региона Москва, метро в регионе Санкт-Петербург — за счёт бюджета региона Санкт-Петербург, метро в Казани — за счёт бюджета Казани и Татарстана и т. д.

У каждого региона есть свои, региональные власти. И если местные власти страдают политической импотенцией в области развития транспорта в своём регионе — это не проблема других регионов.