Да, ГЭС на равнинных реках это не очень хорошо. В защиту Новосибирской ГЭС можно сказать только то, что в 50 году, когда ее начали строить, АЭС еще не было, газа добывалось очень мало, поэтому единственной альтернативой ГЭС была только угольная ТЭС, что намного хуже (при такой мощности она бы сжигала минимум миллион тонн угля в год). Что касается нерестилищ, то такая проблема есть, но она давно и успешно решается искуственным рыборазведением. Пример: Волховская ГЭС вообще ПОЛНОСТЬЮ перекрыла путь на нерест волховскому сигу (рыбопропускные сооружения оказались неудачными), но сиг уже 90 лет успешно выживает благодаря рыборазведению.