Почему вдруг тенденция к уменьшению вооружения?

Во времена СССР вероятность начала "большой войны" считалась достаточно высокой, поэтому корабли МПЧ КГБ строились с учётом требований ВМФ СССР и в случае начала боевых действий должны были включаться в его состав.
Но время шло, 3-я мировая всё никак не начиналась, а ПСКРы продолжали носить на себе оружие, которое им было абсолютно не нужно для охраны государственной границы, но которое требовало обслуживания и ремонта, а также подготовленных специалистов.
С распадом СССР страна начала считать свои деньги, и произошло переосмысление облика пограничных кораблей - минимум вооружения, но максимум условий для комфортного несения службы, ведь пограничники проводят в море больше времени, чем моряки ВМФ.

и зачем 14.5 мм пулеметы?

Для предупредительной стрельбы их достаточно, и снаряды экономятся!    

и зачем 14.5 мм пулеметы? Это же маловато, если придется пробивать корпуса

Он вполне берет броню БТР и БМП, но единственные бронированные корабли на сегодняшний день - Орланы и Нимицы (и то частично). Да, что бы пробить их броню не хватит, но у погранцов и не стоит задача с ними воевать. Остальные не бронированы и следовательно...