существует проблема специального станкостроения

Существует.

потребуется допустить потенциального разработчика на закрытые предприятия и выдать ему техническое задание, раскрывающее такие подробности, которые могут составлять коммерческую или государственную тайну

Вот именно - коммерческую или государственную. Проблема сохранения коммерческой тайны существует даже внутри блока НАТО. И как-то эта проблема решается.
Совсем не обязательно посвящать производителя станка в подробности того, какие именно детали на этом станке будут обрабатываться. И сообщение производителю требуемых режимов обработки не обязательно раскроет ему информацию о всей технологии.
Украсть секрет сейчас можно гораздо проще - через подкуп работника. В СМИ совершенно спокойно показывают лица, называют имена и фамилии инженеров и рабочих. Только что домашние адреса не сообщают.

он может установить на станок скрытые программные модули, которые накапливают информацию о производимой продукции

Ага, а потом выдвигается антеннка и передаёт всё на спутник?!

Производитель может потребовать отчета о перемещениях станка, а в его электронную начинку установить датчики контроля местоположения

И что это ему даст? Если где-то и существуют секретные подземные заводы, оттуда никакой датчик ничего никуда не сможет передать.

В экспортный контракт в качестве обязательного условия часто записываются подключение такого оборудования к интернету и требование использовать только инструмент производителя

Например, американцы поставили нам станок для обработки титановых деталей для Боинга с условием неиспользования этого станка для выпуска оборонной продукции.
Но если станки изначально закупаются для выпуска чего-то секретного, никто не будет подключать их к интернету. Интернет на такие предприятия и не заведён.
Что касается инструмента, то его можно либо скопировать, либо заранее создать достаточный запас на случай эмбарго.

Т.е. мы подарили немцам свои наработки,заказав у них станки

Вообще-то, это они подарили нам свои наработки. Теперь мы получим опыт эксплуатации и обслуживания этого оборудования, что сильно поможет нам в разработке аналогов.