Есть и сложности.Углеродные НТ, которые являются основой нового процессора, могут быть выращены с помощью достаточно простого метода химического осаждения углерода из паровой фазы. Но в ходе такого процесса могут быть получены углеродные НТ, обладающие металлическими или полупроводниковыми свойствами. «Металлические» токопроводящие НТ являются нежелательными, поскольку они действуют как микропроводники, которые могут произвести короткие замыкания в электронной схеме.

Другим камнем преткновения является упорядочивание выращенных углеродных НТ. Используя специальные «шаблонные» подложки можно добиться роста параллельных НТ, выровненных в одном определенном направлении. Но, некоторая часть из них обязательно отклонится от общего направления и соединится с соседними НТ, замкнув их электрические цепи.