разрабатывать десктопные приложения под линукс невыгодно

небольшое уточнение: торговать бинарными блобами под линукс невыгодно. И дело вообще не в десктопах (для разработчика это всего лишь выбор писать на Qt или GTK+, работать будет везде), проблема в том, что линукс это система, и увязывать свои бинари в систему без исходников и без взаимодействия с мейнтейнерами проприетарщики не обучены.

Перепишу под KDE — не будет работать под Gnome, и наоборот

нет конечно. будет работать везде. даже под XFCE и прочими.

Это мне надо утроить(!!!) расходы, чтобы получить 1% рынка?

Это прекрасно, что проприетарного софта под линукс крайне мало. Надеюсь это продлиться подольше. А там, глядишь, кто-то отучится копии бинарей торговать.

Установщики разные, но к серверам обычно прилагается админ, который с лёгким матерком установит софт из tar.gz.

Да даже не с лёгким. Ставить софт проприетарных криворучек, не сумевших в пакеты, не умеющих в FHS, не понимающих где и для чего они делают — удовольствие ниже среднего.

Вот с серверным софтом всё намного проще.

совершенно верно. серверного софта полно от вменяемых опенсорц-разрабов. Что и позволило занять, как говорится.