Во-первых, на частоту процессора влияют очень много факторов — например, длина конвейера, размеры кэшей и регистрового файла и т. д. Во-вторых, технологический процесс на фабрике сейчас имеет, как правило, несколько модификаций, позволяющих выбирать баланс между частотой и энергопотреблением. В-третьих, при большей частоте процессор банально сильнее греется, причем зависимость далеко не линейная. В-четвертых, увеличение частоты зачастую не оправдано, если пропускная способность памяти и межпроцессорных соединений не позволяют полностью нагрузить процессор.

Выбор хорошо сбалансированного соотношения между всеми параметрами процессора — задача весьма нетривиальная.

segfault уже в принципе ответил. Могу только добавить, что дело не в архитектуре, а в микроархитектуре. При одной и той же архитектуре, у процессора может быть несколько микроархитектурных исполнений. У Эльбруса, в частности, длина общего конвейера всего 8 стадий. Поэтому у него и такая тактовая частота. Увеличение длины конвейера, допустим до 16 стадий, приведет к переделке всего ядра и к изменению временных характеристик сигналов и т. д. Но в принципе это возможно. То есть если у МЦСТ будет желание и средства, то они могут сделать высокочастотный дизайн ядра.

Или же дело в архитектуре?

Именно так, ибо 25 инструкций за такт при длине конвейере в 8 операций это не хухры-мухры. У Интела, например, 16 инструкций за такт при длине конвейера в 14 операций. Чем длиннее конвейер, тем проще наращивать тактовую частоту.